Depuis le début du conflit armé à Mostar en avril 1992, Azra Hasanbegovic a aidé à organiser de petits groupes qui venaient au secours des gens les plus gravement touchés par la guerre. Elle fut à l'origine de l'association Zena BiH et créa l'Agence pour l'aide juridique gratuite et une ligne téléphonique d'assistance SOS. En même temps, elle travaillait sur une documentation concernant les souffrances des femmes de Mostar et de Prozor et soumit un rapport détaillé à la Commission des Nations Unies pour les droits humains.

En septembre 1993, pendant le conflit armé, Azra Hasanbegovic fut expulsée de son appartement et trouva refuge dans la maison d'un Juif. Grâce aux efforts de celui-ci et à sa liberté de mouvement, tous les deux purent apporter des tonnes de nourriture à la partie est de Mostar, complètement bloquée et isolée.

En février 1994, elle fut contrainte de quitter Mostar car sa vie était menacée. Avec un convoi de Juifs, à l'aide de documents falsifiés et un nom juif, elle s'échappa de Mostar et alla à Zagreb. Dès qu'elle y fut arrivée elle s'engagea dans les activités de Zena BiH, une association de femmes créée par des réfugiées en provenance de Bosnie Herzégovine. Bien qu'il fut considéré comme impossible à cette époque d'organiser des rassemblements pour la fin du conflit, Azra put participer à une réunion de paix à Vukovar, avec d'autres femmes venant du monde entier.

Après son retour dans la partie est de Mostar, elle organisa immédiatement une branche locale de Zena BiH dont la mission principale est de se battre pour le droit des femmes à travailler. L'association débuta avec 32 membres ; après trois mois il y en avait 700 et peu de temps plus tard 2000, dont la plupart étaient des réfugiées. Azra rassembla également 250 anciennes prisonnières de guerre et créa l'Agence pour l'aide juridique ainsi que la ligne d'aide SOS. Elle mobilisa les femmes pour superviser ces projets. En même temps elle travailla sur une documentation concernant les souffrances des femmes de Mostar et de Prozor. Elle prépara un rapport détaillé et le soumit à la Commission des Nations Unies pour les droits humains en 1995. Elle a pris part à de nombreuses conférences pour la paix et à d'autres organisées par des femmes activistes tant de Bosnie Herzégovine que d'autres pays d'Europe, et aussi à des réunions concernant l'ex-Yougoslavie.

Après la guerre, Mostar, comme d'autres villes en Bosnie Herzégovine, était dans un état de chaos. Parmi les victimes les plus touchées se trouvaient les femmes, qui avaient besoin de nourriture, d'abri, de moyens d'existence, d'aide juridique, et - le plus important - de leurs droits humains afin qu'elles puissent participer activement à la reconstruction de leur vie et de leur ville.